日本大学理科论文数量自 2000 年前后起增长停滞，而在全球范围内，美国及中国的论文数量则有飞跃性增长。反映高质量论文数量的世界排名中，日本从 2000 年的第 4 位滑落至 2016 年的第 11 位。1986 年至 1999 年度，日本国立、公立、私立大学等的研究经费年度平均增长 4.4%，论文数量年平均增长 5.47%。但研究费用在 1999 年度较前年减少，此后呈平移状态，论文数量也几乎同时停止增长。