安全桌面发行版 Qubes OS 项目透露了其架构的下一步变化：分离图形界面。Qubes OS 试图确保系统任何一处的漏洞不会影响到系统的其它部分，它的每一个应用程序都运行在各自的沙盒中。Qubes 开发者指出，尽管有沙盒隔离，图形界面仍然是一个安全风险。即将发布的 Qubes OS 4.1 将尝试分离图形硬件、显示和管理，简而言之 GUI 将隔离起来。