美国科学家在夏天使用橡树岭国家实验室的 Summit 超算分析了来自 1.7 万个基因样本的 4 万多个基因数据，此举旨在加深对 Covid-19 的理解。Summit 是世界第二快的超算，它花了一周多时间处理了这些数据。研究人员对结果进行了分析，揭示了 Covid-19 如何影响人体的新理论——缓激肽假说（bradykinin hypothesis）。假说提供了一个模型解释 Covid-19 的很多方面，包括最奇特的症状。它还提出了十多种潜在疗法，其中部分已经被 FDA 批准。研究发现发表在《eLife》期刊上。根据这一研究发现，Covid-19 的感染通常是从鼻部的 ACE2 受体进入人体的，然后在人体内进入其它存在大量 ACE2 受体的组织如肠道、肾脏和心脏。这能部分解释新冠的心脏和胃肠道症状。一旦 Covid-19 在人体内取得立足之地，事情开始变得有意思了。Summit 分析的数据显示，Covid-19 不再满足于简单感染已表达大量 ACE2 受体的细胞，它开始主动劫持人体自身系统，欺骗它去上调 ACE2 受体表达较低水平或中等水平的组织，如肺部。肾素血管紧张素系统（RAS）控制着循环系统的众多方面，包括名叫缓激肽的化合物水平。缓激肽有助于调节血压。当 Covid-19 微调 RAS 系统时，会导致调节缓激肽的机制出现混乱。缓激肽受体再次致敏，而人体也停止有效分解缓激肽。研究人员称，最终结果是释放缓激肽风暴——缓激肽在人体内失控积累。根据缓激肽假说，正是它导致了许多致命结果。FDA 已经批准了多种针对 RAS 系统的药物，它们能减少缓激肽的产生，阻止致命的缓激肽风暴。研究人员还指出，维生素 D 可能是一种潜在的治疗药物，有助于阻止缓激肽风暴的形成。

日本京都大学的科学家利用理化所全球最快超算“富岳”，找到了数十种可作为新冠传染病候选治疗药物的物质。这些物质有望阻碍病毒在细胞内增殖。科学家计划今后使用细胞进行实验，以确认其效果。模拟实验锁定了有望对治疗新冠产生效果的数十种药物。其中包括 12 种全球正在为治疗新冠展开临床试验的药物。这些药物包括驱虫药“氯硝柳胺”（Niclosamide）和“硝唑尼特 ”（Nitazoxanide）等，硝唑尼特正在美国和墨西哥进行临床试验。富岳原计划 2021 年投入使用，但为了研究新冠而于今年 4 月提前开始试用。

Top 500 公布了最新的榜单，日本基于 ARM 架构的超算富岳登顶，其 Linpack 运算性能达到 415.5 petaflops，是排在第二位的美国橡树岭国家实验室 IBM 超算 Summit 的 2.8 倍。富岳（PDF）安装在神户的日本理化所计算机科学中心，其处理器为富士通公司的 48/52 核 A64FX ARM v8.2-A，采用了可缩放矢量扩展（Scalable Vector Extension）和 512 位实现，为高性能计算进行了优化，由台积电 7 纳米工艺制造，晶体管数量 878.6 亿。A64FX 包含 48 个计算核心和 2 到 4 个辅助核心，没有 GPU 加速器，封装了 HBM2 内存。富岳总共有 158,97 个节点，峰值功率 28.33MW，使用水冷冷却系统，运行的操作系统为 Red Hat Enterprise Linux 8 和 McKernel（轻量级多内核操作系统）。Top 10 超算还有 Summit （148.6 petaflops），Sierra，神威太湖之光，天河二号 A，HPC5（意大利），Selene，Frontera，Marconi-100 和 Piz Daint。中国依旧保持超算数量第一有 226 台，美国 114 台，日本 30 台，法国 18 台，德国 16 ，美国超算的总性能高于中国。联想制造的超算数量再次保持第一，共有 180 台，之后是曙光 (68)，浪潮 (64)，HPE (37)，克雷/HPE (35)，富士通 13。500 台超算中 469 台使用英特尔 CPU，AMD CPU 的有 11 台。

蛋白质折叠分布式计算项目 Folding@home 最近发起了 COVID-19 项目，以帮助科学家更好的理解新冠病毒，了解其与 ACE2 受体是如何相互作用的，帮助开发治疗方法。这一行动受到了许多人的响应，短时间内用户数增长了 12 倍，从 3 万增加到了 40 万。上月底，Folding@home 项目的算力突破了 exaFLOP 大关，领先英特尔、AMD 和克雷等公司一到两年。相比另一个最近终止的著名分布式计算项目 SETI@Home，Folding@home 可谓硕果累累，产生了 233 篇论文，其主要研究包括了激酶的动态性，G蛋白偶联受体，耐药菌和埃博拉病毒蛋白质。Folding@home 的峰值性能达到了 1.5 exaFLOPs，是世界最快超算 Summit 的 7 倍多。

Top 500 周一公布了最新一期的榜单，前 10 的超算没有变化，但入榜门槛从上半年的 1.022 petaflops 提高到 1.14 petaflops。排在前十的超算为：橡树岭国家实验室的 IBM 超算 Summit 运算速度 148.6 petaflops；劳伦斯利物莫国家实验室的 IBM 超算 Sierra 运算速度 94.6 petaflops，中国的神威太湖之光第三运算速度 93 petaflops；天河二号 A 以 61.4 petaflops 排名第四；得州大学的超算 Frontera 以 23.5 petaflops 排名第五；之后是瑞士的 Piz Daint（21.2 petaflops），美国的 Trinity（20.2 petaflops），日本富士通公司制造的 AI Bridging Cloud Infrastructure (ABCI，19.9 petaflops），德国的联想超算 SuperMUC-NG（19.5 petaflops），劳伦斯的 Lassen（18.2 petaflops）。在 Top 500，中国有 227 台，数量继续保持第一，美国 118 台，日本 29 台，法国 18 台，德国 16 ，荷兰 15，爱尔兰 14，英国 11 。联想制造的超算数量再次保持第一，共有 174 台，之后是浪潮 (71)，曙光 (65)，克雷 (36)和HPE (35)，克雷已被 HPE 收购，两家的超算总数和浪潮相同。500 台超算中 470 台使用英特尔 CPU，IBM 有 14 台，AMD 有 3 台。

Top 500 榜单中的大部分超算使用的都是英特尔的处理器，但随着 AMD 的 CPU 再次表现出强大的竞争力，越来越多的超算也开始使用 AMD 的服务器处理器 Epyc。HPE 旗下的 Cray 公司与英国政府签署了 7900 万英镑的交易去建造 28-petaFLOPS Archer2 超算，这是英国至今最强大的超算。Archer2 将取代它的前任 Archer 超算，后者运算速度 2.6-petaFLOPS，使用英特尔的 Xeon E5 v2 处理器。和 Archer 一样，Archer2 将安装在爱丁堡大学，它将包含 5,848 个计算节点，每个节点由两个 64 核 AMD Epyc Rome 组成，处理器频率 2.2GHz，共 748,544 个 CPU 核心，系统内存 1.57PB。系统设计主要使用 AMD 的 CPU，但有四个计算节点连接了 16 个 AMD GPU。

日本宣布理化学研究所的超算“京”退役，将于 8 月 30 日关闭电源后拆除。“京”目前排名 Top500 名单第 20 名，采用 SPARC64 VIIIfx 处理器，峰值计算能力 11.28 petaflops。“京”由富士通公司制造，该公司计划中接替 “京”的下一代超算将采用 64 位 ARM 处理器，速度将达到 400 petaflops，是目前最快的超算美国的 Summit 的两倍，新超算取名为富岳，计划在 2021 年投入使用。