尼安德特人如何消失或为何灭绝至今是一个争论的主题。有关尼安德特人灭绝的假说包括：人口下降、环境变化、与智人（即现代人类）竞争失败，以及基因同化。意大利和瑞士的研究人员在《Scientific Reports》上发表了一篇论文赞同基因同化的观点，认为尼安德特人是被现代人类吸收了，我们就是尼安德特人，不分彼此。尼安德特人部落的规模比智人的部落通常小一个数量级，当尼安德特人部落不断有智人迁入，反复的杂交和基因混合最终导致规模较小的尼安德特人被智人吸收。

Ötzi aka 冰人（Iceman）是一具因冰封而保存完好的天然木乃伊，距今有约 5000 年历史，其发现地点是阿尔卑斯山脉厄茨塔尔山冰川。Ötzi 以其保存完好的衣物、武器和纹身而知名，他的死因可能是肩膀上的箭头。他还被发现饱受骨折、肠道寄生虫和熏黑肺部的折磨。根据发表在 bioRxiv 上的一篇论文，科学家又发现了他的一项新疾病：致癌的人类乳头瘤病毒 HPV16。科学家报告 Ötzi 以及在西伯利亚西部发现的距今 4.5 万年的智人化石都携带了 HPV16 的 DNA 片段。HPV16  致癌病毒同时存在于相距 5000 公里相隔 4 万年的人类身上，显示它已经在人类中间传播了很长时间，可能是现代人类将其传播给了尼安德特人，而不是尼安德特人传播给人类。研究人员发现尼安德特人携带的是低风险的人类乳头瘤病毒 HPV12，而非高致癌性的 HPV16。最新发现挑战了 HPV 病毒是人类与尼安德特人杂交而感染的观点。